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目前，菌肥中所用的菌種一般屬于中溫性微生物，土壤溫度在25-37℃時，利于菌的生長和繁殖，一旦土壤溫度超過37℃，菌的生長會明顯變緩甚至停滯，菌肥效果也將受到影響。但生長停滯不代表菌的死亡，當溫度正常恢復且土壤濕度在50%左右時，菌將恢復生長及繁殖功能。如果在高溫地區施用菌肥，建議企業通過分離篩選出更耐高溫的菌種，添加到菌肥中確保菌肥效果。
此外，強降雨也會讓菌肥效果降低。大多數微生物菌肥中的菌都是有氧細菌，需要有氧呼吸。如果土壤積水時間過長，會影響菌肥效果，必須及時排干積水。此外，過多的積水會讓菌懸浮到水中一部分，被沖掉，從而影響菌肥效果。
下面列舉幾點注意事項：
注意1：氮、磷、鉀總含量超過8%時與菌混合，會抑制菌的活性。陶樹興告訴記者，菌與化肥混合時，一定要注意肥料中的氮、磷、鉀總養分不要超過8%，一旦超過會抑制菌的活性，如果氮、磷、鉀總養分大于8%，建議隨用隨混。目前，有些廠家的復合微生物菌肥中的氮、磷、鉀總養分達到10%以上，有的甚至達到25%以上，這對于一般的菌種來說，都會造成菌活性降低甚至造成部分死亡。
注意2：不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因為這些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
注意3：對于已多年施用化肥的田塊，施用微生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用微生物菌肥取代化肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到 、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
注意4：在施用方法上，建議采用溝施、窩施的方式，一定要將菌肥蓋在土壤里，避免陽光直射，紫外線會殺死細菌；此外，不建議沖施微生物菌肥，因為加水稀釋后菌群會被沖散，影響施用后的效果。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用微生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
注意5：高溫過高、過低、干旱條件下的農作物田塊不建議施用微生物菌肥。
注意6：選擇微生物菌肥一定要根據作物進行選擇。例如，針對大田作物，如水稻、玉米、小麥等，建議選擇復合微生物肥料。因為復合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、鉀養分，以及有機質，使用起來更方便；在單獨使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可以配合施用微生物菌劑，起到促生長、抗病抗蟲等作用；針對瓜果蔬菜，建議使用生物有機肥，改善瓜果蔬菜的口感和品質。
微生物主要的特點就是體積小，種類多，繁殖迅速，適應環境能力強。微生物廣泛分布于自然界中。可以說，凡是它們能夠生存的地方，都是它們的家園。
然，微生物聚集多的地方還是土壤，那里為微生物生長提供了所需要的各種基本要素，而且還具有保溫性能好、緩沖性強等優點，因此，土壤是微生物的大本營，是人類豐富的菌種資源庫。
土壤中尤以細菌多，約占土壤微生物總量的70-90%。土壤中不同類型的細菌有不同的作用。有的能夠固定空氣中的氮元素，合成細胞中的蛋白質；有的能夠分解農作物的秸桿，它們大多是異養菌。除了細菌以外，土壤中數量較多的其它微生物是放線菌（抗生素的主要產生菌）和真菌，而藻類和原生動物等較少。
土壤微生物是構成土壤肥力的重要因素。微生物是一個體積小面積大的系統，有一個巨大的營養物質吸收面、代謝廢物的排泄面和環境信息的交換面，因此吸收多、轉化快，為微生物的高速生長繁殖和合成大量代謝產物提供物質基礎。
自然界物質豐富，品種多樣，為微生物提供豐富食物。微生物的營養類型和代謝途徑多樣，從無機營養到有機營養，能充分利用自然資源；呼吸類型多樣性，在有氧環境、缺氧環境，甚至是無氧環境均有能生活的種類。環境的多樣性如極端高溫、高鹽度和極端pH值造就了微生物的繁多種類和龐大數量。
土壤中含有各種 各樣有機和無機營養物，它是微生物生長和發育的天然培養基土壤中的微生物種類極其豐富，1g耕作土壤中含有25億個個細菌、70萬個放線菌、40萬個真菌、5萬個藻類、3萬個原生動物。
大多數微生物以裂殖方式繁殖后代，在適宜的環境條件下，十幾分鐘至二十分鐘就可繁殖—代。多數微生物為單細胞，結構簡單，整個細胞直接與環境接觸，易受環境因素影響，引起遺傳物質DNA的改變而發生變異。
微生物肥料是因微生物生命活動而導致農作物得到特定的肥料效應的―類制品，是從土壤中篩選以至馴化出能改善作物營養的微生物。
它包括固定空氣中分子態氮，將其轉變為植物可利用態氮素的自主或共生固氮菌；在土壤中將礦物態植物不能利用的磷和鉀轉變為有效磷和鉀的微生物，即磷細菌和鉀細菌；以及能分泌出多種有益作物生長的刺激素和抗生素的植物根圈促生細菌。
總之，凡是能直接或間接改善作物營養狀況的微生物，將其制成菌劑或加入其他填充物，包括少量化肥和一些草木灰等作為載體，都可作為菌肥廣泛應用于農業生產。
微生物肥與其他肥料一樣，都是為了改善作物的根際、葉面營養，促進作物的生長發育，增強作物抗逆性，進而提高作物產量，改善農產品品質，它的肥料效應—般認為是廣義的，不僅僅是營養物質方面，也包括了對作物生長刺激、調控，協助作物吸收水分以及由于接種微生物在作物根物根際的廣泛生長而降低或抑制有害微生物的存活，從而表現出減輕一些病蟲害的效用。
我國為什么要發展微生物肥料？大家都知道，目前我國正在提倡化肥農藥零增長！推進有機肥替代部分化肥。同時微生物肥料也是替代化肥的不二選擇····
微生物肥料功能特殊：據了解，美國從幾十年大量的數據中得出一個結論，利用微生物的合理種群，能減少化肥用量的達到20%左右。這不僅可以提高作物產量，還能改善作物品質。
生物菌肥它為什么好？它到底是如何對土壤作物起作用的？下面我們一起來看！
首先，生物菌肥，是如何影響作物生長的？
作物種子在土壤中生根發芽后，施入土壤的活體有益微生物就在作物根的周圍大量繁殖，形成了一個旺盛的微生物活動區，這些活動微生物不僅可以改變土壤的性狀也能促進作物的生長發育進程。這生物菌的基本作用機理！
生物菌肥具體的功效主要表現在以下幾個方面
1、它能改善土壤結構，提高土壤肥力，促進化肥吸收。
生物菌肥中重點是含有一些功能菌，比如：根瘤菌、固氮菌，可以把空氣中的氮氣轉化成植物可吸收的氮素養分，增加土壤中的氮素來源，多種溶磷、解鉀菌可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變為作物能夠吸收利用的磷、鉀化合物，使作物生長環境中的營養元素供應增加。
長期使用微生物肥，可使原來比較板結的土質變得更加松軟、透氣，而且保水、保肥性能也有了提高。
2、它能減少作物病蟲害，增強作物的抗病能力。
生物菌肥施入土壤它的有益微菌在作物根系周圍大量生長繁殖，形成優勢菌群，可以消滅土壤中的有害菌同時阻擋了有害菌對作物的侵害。使作物避免病菌的侵害，降低作物的發病率。
3、它能促進生長。
使用生物肥后，微生物通過活動改善土壤的環境，給作物建立了良好的生長發育環境，特別作物根系的發育，提高了作物根系的養分吸收能力，使作物的生長發育速度加快。
4、它能改善作物品質。
由于生物菌的活動，均衡了土壤中養分的供應，防止了作物對氮素肥料的過量吸收，蛋白質、糖分、維生素含量提高，硝酸鹽含量下降，作物品質明顯改善，口味好、保鮮時間延長。
藤上花菌劑拌種
撒播蔬菜種子
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