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果樹體內外都存在許多微生物，其中不少是有益的，可通過篩選應用有益微生物為果樹的生長發育、提高質量、增進抗性奠定良好基礎。菌肥的主要作用有：
一、改變根量，由細菌產生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。二、軟化細胞壁，細菌產生的半聚糖醛酸轉化酶（PATA）可軟化根系細胞壁，從而促進營養吸收。
三、產生轉鐵產物，細菌產生的轉鐵產物可聚合或螯合土壤鐵，使之成為對果樹更有效的物質。
四、增加磷的有效性，細菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。
五、阻止病害，細菌改變根際環境，從而抑制根系病原體的競爭力。
一、土壤菌肥不匹配
土壤有酸堿之分，有機菌肥也有pH值，菌又有真菌、細菌之分。中性和微酸性土壤宜施細菌性有機菌肥。堿性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機菌肥，施用后能固定空氣中的氮，幫助果樹利用其他狀態存在的氮素養分。其實土壤中微生物也很多，數量也很大，大部分微生物對作物的生長發育、土壤的團粒結構、物質循環都有很大影響。還能分解有機質和礦物質，釋放出營養元素供作物吸收利用。酸性土壤施了堿性有機菌肥，酸堿中和降低了肥效，也使菌種受到傷害。有些菌是需氧性很強的菌種，如放線菌、霉菌類等施在板結透氣性差的土壤中，別說發酵繁殖，菌種本身都難以成活。
二、土壤理化性狀惡化
菌肥中的菌賴以生存的條件是有機質。而80%以上的果園都在施用無機化肥，土壤板結透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等。更嚴重的是有機肥極度缺乏破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。果農施商品有機菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機質很快被分解利用，有機肥中的菌種失去賴以生存的條件不能繁衍生存，大部分死亡。這就是果農在施用商品有機菌肥中發現的地厚施有機菌肥有作用而地薄無作用的道理。
三、土壤不利于微生物存活
果園多年不施有機肥和淺施無機肥，造成土壤板結，存氧量差，根系生長緩慢。土壤pH值發生變化。除草劑在土壤中的殘留直接破壞了土壤的團粒結構使土壤中的微生物死亡。果園施用有機菌肥后土壤中沒有足夠的微生物使菌肥發酵繁衍而形成有效的菌群，阻礙了肥效的發揮。
果園要正確選擇除草劑，既要能除草，又在土壤中殘留時間短，對土壤中微生物和土壤團粒結構沒有太大的破壞。重視有機肥的施用，改良土壤得3～5年。
四、對菌種不了解
這種新型肥料對農民來說是個盲區。正確看待區域代理商和生產廠家在鄉村的夸大宣傳，有的還拿著顯微鏡忽悠群眾，不講自家的菌肥是什么菌，起什么作用，在什么條件下施用，怎樣施用。果農要不斷學習，弄清微生物菌肥不是包治百病的 肥料。每種有機菌肥有它的屬性和作用。如球狀芽孢桿菌是細菌殺蟲菌、EM菌抗重荏菌，乳狀芽孢桿菌是長效細菌殺蟲菌。枯草芽孢桿菌是真菌，能有效防治根系周圍的真菌，使作物免受侵害。地衣芽孢桿菌是細菌性防病菌，不要輕信菌能治黃葉、小葉等生理病害。能治黃葉、小葉的是有機肥而不是菌
五、施用溫度和方法不對
首先地溫要在5～35℃內施用，低于5℃菌種不能發酵繁殖，高于35℃菌種會被燒死。有機菌肥 單獨施用，不要和大化肥(氮、磷、鉀)混合施用。果農為圖方便常和大化肥一起施用，在兩棵樹中間挖20厘米深、寬25厘米的溝，先把菌肥撒入溝內，再撒大化肥 填土，這和混施沒有區別，大化肥殺死了菌種。正確的施肥方法應采取放射性溝施，挖30厘米寬、25～35厘米深的溝，先施入大化肥，填一層10厘米左右的土，再施菌肥。這層隔離帶減少了大化肥水溶下滲后殺死菌種的機會。
六、土壤中有機物不足
施用有機菌肥的關鍵要不斷培養土壤中的微生物。土壤中有足夠的有機物或腐殖質時才能被微生物菌利用，進而使土壤微生物快速繁衍，營養元素。實行果園生草制。草長到15厘米不到20厘米時割刈，一年反復進行覆蓋地面，兩年全園普翻一次以利提高果園腐殖質的含量。3～5年施一次發酵好的牛、豬、羊、雞兔等家畜禽糞。為有機菌肥中菌種的發酵繁殖提供充足的基質。為果樹在生長中提供中、微量元素，減少小葉、黃葉等生理病害的發生。
微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。
所以要提高土壤肥力，主要是補充土壤中有機質，其次補充生物酶，以保障菌的存活;菌生酶，酶促菌，用工業生產的方式代替微生物菌生產酶，來促進作物對養分吸收消化。含酶有機肥能真正降低土壤鹽漬化，為微生物菌生存繁殖創造條件，進而形成土壤良性循環。
總之，中國土壤不缺肥，而是缺酶。
不是微生物菌少，而是生物菌存活條件，有機質含量少。不是缺普通的有機肥，而是缺含酶的有機肥。
主要可以從4個方面來辨別菌肥的品質如何。
1 產品包裝
包裝主要看指標，以下是有機肥，生物有機肥，微生物菌劑的區別
不是菌數多就是好，微生物在土壤里的繁殖速度一般為20分鐘，如一些芽孢桿菌。還有24小時完成一代繁殖的，如一些真菌類，放線菌等。一代繁殖就是由一個細胞完成分裂變成兩個細胞即為繁殖一代。
所以，只要條件允許，在碳氮比很合適的情況下，繁殖速度很快就會到達種群上限，一般為50至60代。所以，菌數不能代表有機肥的品質。
2 產品外觀
很簡單，看雜質多不多，石子，木屑，等。多肯定就不太好了。
聞味道，氨味，臭味，腥味都不是好現象，好的肥料有一種泥土的發酵芳香。沒有發酵成熟，味道是沒辦法掩蓋的。
3 使用方法
遵循一個原則，就是近根使用。這里要著重提出一點，好的生物菌肥是不可能燒根的，如果你連根系都無法呵護，還跟老百姓提什么生物肥的功能性。
這都是實驗效果，近根使用的原理就是有機質和菌在土壤里的移動性非常低，所以直接運用于根部，它能夠給根系創造一個良好的根系生長環境，顆粒能夠保水保肥透氣，給根系一個生長的家。
4 載體
說到載體其實很簡單，腐殖酸，氨基酸，海藻素，這些才能用作載體，大的有機分子如木質素，纖維素，半纖維素，粗纖維等，菌的存活率是很低很低的。所以通過使用好的載體，才能確保菌種的活性。有活性，下地之后才能繁殖。
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