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菌肥生產中載體很重要，關乎菌的活性能力。
話說回來，土壤中有足夠的有機物或腐殖質時微生物才能更好的生存繁殖起作用，其他營養元素。
微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！
土壤有機質含量足，土壤理化性狀就好，加強了土壤有益微生物的活動，從而 限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，終達到增產增收的目的。缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向作物根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足。
土壤有機質缺失，會使化肥對土壤板結影響的烈度更加凸顯。而有機質豐富，化肥的利用率就大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物，以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。
土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。所以施用菌肥，請別忘了補充有機質！
微生物肥料是指一類含有活的微生物并在使用中能獲得特定肥料效應能增加植物產量或提高品質的生物制劑。
微生物肥料的分類
我國微生物肥料種類繁多，截至目前還沒有一套完整統一的分類系統，根據分類的標準不同，有如下幾種分類方法：
按作用機類
1、狹義的微生物肥料：指通過微生物的生命活動增加植物營養元素的活性和供應量，進而增加產量，即含有肥料特性的微生物制劑，這類產品雖不具有養分，但卻有肥料的功能。
2、廣義的微生物肥料：該種微生物肥料略有或沒有養分供應功能，但卻有其他功效，如刺激植物生長或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，這類微生物肥料更應該稱為“微生物制劑”而不是肥料，但現都統稱為微生物肥料，在農業部統一登記備案。
按微生物種類劃分
細菌肥料：如固氮細菌肥料、溶磷細菌肥料、解鉀細菌肥料。
真菌肥料：該類肥料包括外生菌根菌劑和內生菌根菌劑兩種類型，如叢枝菌根、菌根菌劑、蘭科菌根菌劑。
放線菌肥料：如抗生素菌肥；
藻類肥料：如固氮藍藻等。
按功能不同分類
根據功能不同又可分為：
溶磷微生物肥料、解鉀微生物肥料、有機質分解微生物肥料等，如豆科植物接種劑和土壤磷素活化劑等。同一類功能的微生物肥料也可以是不同微生物種類的肥料，如溶磷菌肥，既可以是細菌肥料也可以是真菌肥料，因為同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的現象在微生物肥料界非常普遍。
按含有微生物種類的多少劃分
分為單一微生物或復合微生物肥料等。
單一微生物肥料：只含有一種微生物作用的肥料。
復合微生物肥料：即多種微生物通過一定比例混合在一起所形成的微生物制劑。
微生物+有機肥=生物有機肥
微生物+化肥=生物復混肥
微生物+有機肥+化肥=生物有機無機復合（復混）肥
農業部登記的微生物肥料種類
目前農業部登記的微生物肥料產品共有：
9個菌劑類品種：根瘤菌劑、固氮菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、菌根菌劑、光合菌劑、有機物料腐熟劑、復合菌劑和土壤修復菌劑。
2個菌肥類品種：復合生物肥料和生物有機肥料。在劑型上分為液體和固體，固體又分為粉末和顆粒等。
效果 VS 問題
微生物肥料應用效果
1、增加作物產量：
各類微生物肥料的增產幅度在10% 左右，其中以復合微生物肥料增產效果明顯，達到20% 以上。研究表明：單獨施用微生物肥料沒有配施有機肥或化肥對馬鈴薯的增產效果明顯，但是微生物肥料在作物增產中只起到輔助作用，不能代替有機肥和化肥而單獨使用。
2、改善作物品質
微生物肥料能改善作物品質已是不爭的事實。
某些微生物肥料即使沒有明顯的增產作用，但仍然能改善作物品質。
施用微生物肥料能夠在明顯提高蔬菜含糖量和維生素C含量的同時降低蔬菜的硝酸鹽含量。
微生物肥料對水果品質的影響也比較明顯。劉利軍等人的研究表明：在使用微生物肥料后，碭山酥梨葉片氮含量顯著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc 含量等明顯增加，并證明了果實的品質、耐貯性和梨果的等級均顯著提高。
3、減輕病蟲藥害
張偉衛等人在2013年的試驗結果表明微生物肥料對大田棉花枯萎病和茄子黃萎病均具有穩定的控制作用，病情指數分別降至38.2 和23.5。煙草專用微生物肥料能減輕煙草病毒病害、促進煙草的生長，降低雜氣和刺激性。微生物肥料能有效減輕土壤中殘留除草劑對作物的藥害。
4、改善土壤結構
長期施用微生物肥料，能夠恢復土壤團粒結構的形成，起到疏松土壤、土壤板結、改善土壤結構的作用。
據報道，在北方寒地黑土上連續3年施用土壤磷素活化劑，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常顯著。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促進了土壤中有機質的釋放，改善了土壤的理化性質，增加了土壤團粒，改善了土壤結構。
微生物肥料存在的問題
1、配套體系不夠完善
目前，我國還沒有形成有利于微生物肥料應用的農業施肥、推廣和監管體系。在發達 大豆接種根瘤菌已成為常規耕作措施，而我國東北大豆根瘤菌的接種率卻不到10%。玉米、水稻等大田作物化肥施用量過度，微生物肥料、有機肥料施用很少，短期行為普遍，推廣力度和政策支持明顯不足。同時微生物肥料市場魚目混雜， 在該類肥料的質量監管上還沒有形成完善的規章制度和產品標準。
2、菌種純度不高、針對性不強
微生物肥料具有生態適應性，施用時應依據當地生態狀況、作物品種、土壤類型和耕作方式等確定具體施用方式和施用量，有針對性地篩選出高適應的功能菌種，以達到較佳的作用效果。但是絕大多數微生物肥料企業還在使用分離篩選及傳統育種等相對滯后的菌種選育技術，造成微生物肥料地域針對性不強，適應性較差，個別企業甚至提純復壯做的都很不到位，導致菌種純度下降、活性衰減、田間效果不穩定或迅速下降。
3、作用效果不穩定
微生物肥料的應用效果受很多因素影響，除肥料本身的活性菌種類、含量、純度等內在因素外，環境條件也是影響肥料效果的重要因素，如底物濃度、溫度、濕度、土壤pH 值等，導致很多微生物肥料的使用效果與預期相差很多，并且地塊間，年度間的差別很大。
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近年來，由于化學肥料的無序投入，棚室土壤鹽漬化問題越來越嚴重，不少棚室的土壤表面長滿綠苔、紅苔和白霜，很多蔬菜定植后出現緩苗慢、黃葉甚至死棵現象。緩解土壤鹽漬化，菜農往往通過增施生物菌肥和有機肥改善，這的確是一個好辦法，但是緩解土壤鹽漬化不是一朝一夕就能完成的，需要多措施并用。除了合理施肥外，提醒菜農充分利用好歇棚期，可大大緩解土壤鹽漬化問題。
一、深耕翻土
隨著旋耕機的普及，很多菜農的大棚土壤已經多年沒有深翻過。而多數旋耕機土壤翻耕深度只有十幾厘米，上下土層翻動也較少，長此以往，犁底層上移，耕作層變淺，每年使用的幾十方糞肥、幾百公斤的各類化學肥料，大部分聚集在地表10厘米內，從而大大加重了土壤鹽漬化。鹽害發生嚴重的土層，多表現為板結、透氣性差等特點，生產中，通過深翻土壤，打破土層結構，將上層全鹽含量較高的表層土壤翻到底層，可降低土壤的鹽漬化程度。另外，深翻土壤還能打破因常年使用旋耕機而形成的“犁底層”。
二、大水洗鹽
利用鹽隨水走的特點，通過大水漫灌或揭棚自然淋灌的措施，將根系主要分布土層（0-30厘米）的鹽分淋溶到土壤深層，即把耕作層內的高濃度鹽離子“帶走”。建議在蔬菜拔園后，結合高溫悶棚一并進行，即先打一遍地，而后灌大水，閉棚提溫，此后連續大水漫灌3—4次，可大大緩解土壤鹽離子過高的情況。歇棚期正值雨季，大雨較多，也可將棚室上的棚膜撤掉和揭起，利用頻繁的雨水淋洗土壤中的鹽分，減輕鹽漬化。
三、秸稈還田
秸稈在腐解的過程中，可吸附、利用土壤的礦質元素，減輕鹽漬化，同時秸稈還田又增加了土壤有機質，改善了土壤透氣性，促生了土壤有益微生物，可謂一舉多得。秸稈還田常用有兩種方式，一種是秸稈反應堆的使用，即在作物種植行內，下挖50厘米后，填充玉米秸稈等材料，并噴施快速腐熟劑肥力高等，而后覆土掩埋，并灌一定量水，一周后便可定植蔬菜；另一種是秸稈粉碎還田。需要注意的是，一定要進行細致地粉碎。一般粉碎的程度大約在1-2厘米左右即可，若出現較大的秸稈可再次進行粉碎。秸稈還田時要注意病蟲害的再傳播，可通過拔園前高溫悶棚處理將大部分的有害病蟲殺死，也可在秸稈還田后通過微生物發酵配合高溫悶棚等技術措施降低病蟲害的循環侵染。
四、種植綠肥
綠肥有機質含量豐富，且多為易分解的有機質，翻入土壤后，可在短時間內促生大量的有益微生物，改善土壤結構，減輕鹽漬化。鹽漬化嚴重的棚室，菜農可選擇吸肥能力較強、具有解磷解鉀作用的菠菜、玉米等作物，緩解鹽害。下茬蔬菜定植前20天左右進行翻壓，可先將綠肥莖葉切成10-20厘米長，撒在地面或施在溝里，隨后翻耕入土，翻壓深度以10-20厘米為宜，砂質土可深些，粘質土可淺些。翻壓時可以將下茬蔬菜所用的底肥提前施入，一起翻入土壤，并澆水以保證適宜的土壤濕度，促進綠肥盡快腐爛分解。蔬菜定植前，還要將土壤深翻一遍，以提高土壤透氣性，增加耕層深度。
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