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土壤中微生物的種類較多，有細菌、真菌、放線菌、藻類和原生動物等。數量也很大，1克土壤中就有幾億到幾百億個。大部分土壤微生物對作物生長發育是有益的，它們對土壤的形成發育、物質循環和肥力演變等均有重大影響，當然也有那么些不被人喜歡的致病微生物。那么微生物在土壤中都干些啥呢?
一、土壤微生物可以形成土壤結構
土壤并不是單純的土壤顆粒和化肥的簡單結合，作為土壤的活躍組成分，土壤微生物在自己的生活過程中，通過代謝活動的氧氣和二氧化碳的交換，以及分泌的有機酸等有助于土壤粒子形成大的團粒結構，終形成真正意義上的土壤。土壤微生物的區系組成、生物量及其生命活動對土壤的形成和發育有密切關系。
二、土壤微生物顯著的成效就是分解有機質
土壤微生物顯著的成效就是分解有機質，比如作物的殘根敗葉和施入土壤中的有機肥料等，只有經過土壤微生物的作用，才能腐爛分解，釋放出營養元素，供作物利用，并形成腐殖質，改善土壤的結構和耕性。
三、土壤微生物還有固氮作用
氮氣占空氣組成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用將空氣中的氮氣轉化為植物能夠利用的固定態氮化物，有了這樣的土壤微生物，就相當于土壤有了自己的氮肥生產車間了。
在植物根系周圍生活的土壤微生物還可以調節植物生長，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能為植物直接提供氮素、磷素和其他礦質元素的營養以及有機酸、氨基酸、維生素、生長素等各種有機營養，促進植物的生長。土壤微生物與植物根部營養有密切關系。
四、各種微生物之間有互惠互利的，也有相互敵對的
土壤中存在一些抗生性微生物，他們能夠分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，這樣就可以防治和減少土壤中的病原微生物對作物的危害。所以，土壤中的微生物其實也有不利的一面，比如病原微生物。
五、土壤微生物還可以降解土壤中殘留的有害物質
微生物還可以降解土壤中殘留的有機農藥、城市污物和工廠廢棄物。微生物把他們分解成低害甚至無害的物質，降低殘毒危害。當然，這些所有的功能都是由不同種群的微生物完成的，每一個功能的實現也需要有大量的微生物共同工作才行。
2018年4月在河南西南王煙草育苗工場，山東恒有生物科技有限公司為展現公司生物菌劑的效果，特地做了對比實驗，效果如圖：
左邊是沒用微生物菌劑的，右邊是使用我們恒有公司＂藤上花＂微生物菌劑的煙苗
使用我們產品的根部明顯看出根系多、密，對于培栽時更容易存活、抗病能力更強 ，起到壯苗的功效。
生物菌肥效果好，但還要提醒大家在施肥過程中注意以下幾點：
1、根據田間實際狀況。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。
2、根據土壤墑情。施用菌肥的 溫度是25℃~27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時還應知道，固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度為適宜。
3、不能和其他農藥混用。為防止活菌致死，千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。
4、與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用。
5、因量制宜。對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥，不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代理應做到 、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。
6、因時制宜。生物菌肥不是肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7~10天施用效果 。
7、不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抵制作用還不是很清楚，若相互抵制，則會降低肥效。
近年來，由于化學肥料的無序投入，棚室土壤鹽漬化問題越來越嚴重，不少棚室的土壤表面長滿綠苔、紅苔和白霜，很多蔬菜定植后出現緩苗慢、黃葉甚至死棵現象。緩解土壤鹽漬化，菜農往往通過增施生物菌肥和有機肥改善，這的確是一個好辦法，但是緩解土壤鹽漬化不是一朝一夕就能完成的，需要多措施并用。除了合理施肥外，提醒菜農充分利用好歇棚期，可大大緩解土壤鹽漬化問題。
一、深耕翻土
隨著旋耕機的普及，很多菜農的大棚土壤已經多年沒有深翻過。而多數旋耕機土壤翻耕深度只有十幾厘米，上下土層翻動也較少，長此以往，犁底層上移，耕作層變淺，每年使用的幾十方糞肥、幾百公斤的各類化學肥料，大部分聚集在地表10厘米內，從而大大加重了土壤鹽漬化。鹽害發生嚴重的土層，多表現為板結、透氣性差等特點，生產中，通過深翻土壤，打破土層結構，將上層全鹽含量較高的表層土壤翻到底層，可降低土壤的鹽漬化程度。另外，深翻土壤還能打破因常年使用旋耕機而形成的“犁底層”。
二、大水洗鹽
利用鹽隨水走的特點，通過大水漫灌或揭棚自然淋灌的措施，將根系主要分布土層（0-30厘米）的鹽分淋溶到土壤深層，即把耕作層內的高濃度鹽離子“帶走”。建議在蔬菜拔園后，結合高溫悶棚一并進行，即先打一遍地，而后灌大水，閉棚提溫，此后連續大水漫灌3—4次，可大大緩解土壤鹽離子過高的情況。歇棚期正值雨季，大雨較多，也可將棚室上的棚膜撤掉和揭起，利用頻繁的雨水淋洗土壤中的鹽分，減輕鹽漬化。
三、秸稈還田
秸稈在腐解的過程中，可吸附、利用土壤的礦質元素，減輕鹽漬化，同時秸稈還田又增加了土壤有機質，改善了土壤透氣性，促生了土壤有益微生物，可謂一舉多得。秸稈還田常用有兩種方式，一種是秸稈反應堆的使用，即在作物種植行內，下挖50厘米后，填充玉米秸稈等材料，并噴施快速腐熟劑肥力高等，而后覆土掩埋，并灌一定量水，一周后便可定植蔬菜；另一種是秸稈粉碎還田。需要注意的是，一定要進行細致地粉碎。一般粉碎的程度大約在1-2厘米左右即可，若出現較大的秸稈可再次進行粉碎。秸稈還田時要注意病蟲害的再傳播，可通過拔園前高溫悶棚處理將大部分的有害病蟲殺死，也可在秸稈還田后通過微生物發酵配合高溫悶棚等技術措施降低病蟲害的循環侵染。
四、種植綠肥
綠肥有機質含量豐富，且多為易分解的有機質，翻入土壤后，可在短時間內促生大量的有益微生物，改善土壤結構，減輕鹽漬化。鹽漬化嚴重的棚室，菜農可選擇吸肥能力較強、具有解磷解鉀作用的菠菜、玉米等作物，緩解鹽害。下茬蔬菜定植前20天左右進行翻壓，可先將綠肥莖葉切成10-20厘米長，撒在地面或施在溝里，隨后翻耕入土，翻壓深度以10-20厘米為宜，砂質土可深些，粘質土可淺些。翻壓時可以將下茬蔬菜所用的底肥提前施入，一起翻入土壤，并澆水以保證適宜的土壤濕度，促進綠肥盡快腐爛分解。蔬菜定植前，還要將土壤深翻一遍，以提高土壤透氣性，增加耕層深度。
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