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糞肥在使用時，如果處理不好，同樣也會出現很多問題。
1.腐熟不完全或未腐熟糞肥施入土壤中，因發酵不徹底，會在水分、通氣量等因素適合的條件下進行二次發酵，發酵的熱量會對作物產生不良影響，嚴重時會出現燒苗、燒根或植株死亡。
2.造成土壤鹽漬化。連年使用雞糞，土壤中存留大量的氯化鈉鹽，平均每6方雞糞含鹽分30-40公斤，而每畝地含10公斤鹽分已經嚴重制約土壤通透性和活性，固化磷肥、鉀肥、鈣鎂鋅鐵硼錳等重要元素，出現植株生長異常，花蕾稀落，果實不開個等減產現象，顯著制約了作物產量和質量的提高。
3.糞肥中常存在大量的有害蟲卵，如雞虱子、小蒼蠅等。不僅影響蔬菜生長，而且還能影響到菜農在棚室中的操作。
4.造成土壤酸化。由于雞糞pH值約在4左右，屬于極酸性，會酸化土壤，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給雞糞攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和侵染機會，濕度和溫度一旦達到適宜條件就會爆發病害。
鑒于此,在蔬菜定植前應將糞肥徹底腐熟。菜農可以使用多種微生物類型的糞肥發酵產品來提高糞肥的發酵腐熟速度,如藤上花—微生物發酵劑等,這樣菜農就可以自行控制糞肥的發酵腐熟程度及時間,既可以與蔬菜定植時間形成配合,又能夠保證蔬菜的生產。
廣東廣州恒有生物科技有限公司現有員工一百多人，擁有整合各種運輸車輛三百余臺、倉庫、分撥場地四千多平方米，年生產【生物菌劑】四萬余噸。
目前，菌肥中所用的菌種一般屬于中溫性微生物，土壤溫度在25-37℃時，利于菌的生長和繁殖，一旦土壤溫度超過37℃，菌的生長會明顯變緩甚至停滯，菌肥效果也將受到影響。但生長停滯不代表菌的死亡，當溫度正常恢復且土壤濕度在50%左右時，菌將恢復生長及繁殖功能。如果在高溫地區施用菌肥，建議企業通過分離篩選出更耐高溫的菌種，添加到菌肥中確保菌肥效果。
此外，強降雨也會讓菌肥效果降低。大多數微生物菌肥中的菌都是有氧細菌，需要有氧呼吸。如果土壤積水時間過長，會影響菌肥效果，必須及時排干積水。此外，過多的積水會讓菌懸浮到水中一部分，被沖掉，從而影響菌肥效果。
下面列舉幾點注意事項：
注意1：氮、磷、鉀總含量超過8%時與菌混合，會抑制菌的活性。陶樹興告訴記者，菌與化肥混合時，一定要注意肥料中的氮、磷、鉀總養分不要超過8%，一旦超過會抑制菌的活性，如果氮、磷、鉀總養分大于8%，建議隨用隨混。目前，有些廠家的復合微生物菌肥中的氮、磷、鉀總養分達到10%以上，有的甚至達到25%以上，這對于一般的菌種來說，都會造成菌活性降低甚至造成部分死亡。
注意2：不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用。因為這些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
注意3：對于已多年施用化肥的田塊，施用微生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用微生物菌肥取代化肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到 、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
注意4：在施用方法上，建議采用溝施、窩施的方式，一定要將菌肥蓋在土壤里，避免陽光直射，紫外線會殺死細菌；此外，不建議沖施微生物菌肥，因為加水稀釋后菌群會被沖散，影響施用后的效果。對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用微生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
注意5：高溫過高、過低、干旱條件下的農作物田塊不建議施用微生物菌肥。
注意6：選擇微生物菌肥一定要根據作物進行選擇。例如，針對大田作物，如水稻、玉米、小麥等，建議選擇復合微生物肥料。因為復合微生物肥料中既包含了菌、又包含氮、磷、鉀養分，以及有機質，使用起來更方便；在單獨使用氮肥、磷肥或鉀肥的地塊，可以配合施用微生物菌劑，起到促生長、抗病抗蟲等作用；針對瓜果蔬菜，建議使用生物有機肥，改善瓜果蔬菜的口感和品質。
近些年，隨著蔬菜、果樹等作物種植面積的不斷擴大，重茬問題日益成為種植戶關注的焦點；特別是在一些對環境要求特殊，高產值經濟作物如三七、人參等，適宜種植的面積又小。為了避免重茬造成的死棵等，種植戶不得不到處遷徙種植，增加了租地、雇人工等大量成本。重茬為什么能造成如此嚴重的后果呢？
一是作物自身在生長的過程中，會釋放到根系周圍某些代謝的或分解的化學物質而對其它同種個體產生直接或間接的有害影響，這也就是我們所謂的“自毒現象”。往往表現為長勢弱、產量低等情況。
二是土傳病害逐年加重。連年種植某種作物造成土傳病害病原菌逐年增加，往往導致爛根、死棵，加重了病害的防治難度。另外，一些未腐熟的有機質含有線蟲等，也造成了線蟲在土壤中越積越多。土壤消毒存在消毒不徹底或將有益微生物也直接殺死等，打破菌群平衡。
三是營養元素缺失或失衡。由于作物對某幾種營養元素的偏好，連作造成土層中喜好元素的缺失。另外，磷鉀肥的重施造成中微量元素的固定，從而產生多種缺素癥。降低植株免疫力，從而利于土傳病害侵染。
四是土壤鹽漬化或酸化。土壤中逐年積累過多的鹽分對土壤營養元素的抑制作用和對根系的毒害作用，直接影響對土壤營養和水分的吸收。
那么，針對以上因素造成的重茬問題，我們應如何解決？首先，增加土壤有益微生物。有益微生物具有殺死土傳病菌，修復土壤微生物菌群，降解根系“自毒現象”產生的分泌物。其實平衡施肥，補充中微量元素。北方果樹區一般缺鐵、鋅、硼、鈣等元素較嚴重，因此，可以在底肥使用“微控天下”雙微產品，既補充微生物菌種又補充麥飯石為主原料的天然中微量元素，改善土壤、增產效果 。
通過“菌肥同補”的措施，即有效補充了土壤中欠缺的中微量元素營養，又解決了長時間困擾種植戶的重茬問題，何樂而不為呢？
目前，國內耕地質量急劇下滑，其根本原因在于農業為追求作物產量，過量使用化肥、農藥，導致耕地土壤肥力嚴重降低，糧食問題不得不被提上日程。為保證農業資源可持續利用， 政策正在加大支持力度改良耕地質量，用“生物肥力”撬動“土壤肥力”、用微生物菌肥“造土”等概念逐漸成為行業熱點。
土壤是被耕地損壞的
萬物生長依靠太陽，孕育生命依賴土壤。農業生產以土為本，充分發揮土壤機能，但現實卻是，耕地土壤質量每況愈下。在作物吸收養分時，有機肥料是在礦質化后被作物吸收的，利用作物可以吸收礦質化成分的原理，化肥工業得到發展，生產出大量價格低廉的肥料，包括質量低下的農藥，為糧食增產作出貢獻的同時，也導致農業生態環境惡化、作物高產不優質等問題突出。
“造土”呼喚生物肥
現代農業以這樣的方式“造土”，微生物菌肥的作用顯而易見。專家表示，有3類微生物菌肥可以幫助調控土壤質量，一是生物有機肥能夠緩解土壤板結、質地下降；二是微生物生防制劑，緩解病原物化感物質累積；三是微生物環境制劑，緩解農藥殘留等。“微生物菌肥的優點在于施用無污染、無肥傷問題，施用量少、成本較低，可有效減少土壤劣化酸化。此外，微生物菌肥還存在‘三高一低’，即菌數量高、菌活性高、適應性強和雜菌數低的特點，能提高植物根部吸收面積，提高抗逆性、抗病能力，促進改善植物品質。可以說，‘’不是減營養元素，而是在其中添加有機質，進行綜合施肥。”
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