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近年來，由于化學肥料對環境和土壤的嚴重破壞，不僅污染了環境、使生態不斷惡化、土壤出現硬化、酸化、鹽漬化等諸多問題，而且降低了農產品的質量。為了促進農業可持續發展，實現以生態、、高產、優質、為目標，世界各國都在為了找 的解決方案而不斷努力。
微生物肥料對土壤改良有很好的效果，土壤中的病害得到了防治，提高了農作物的產量，并且可以使化肥的用量減少，從而保護環境，對促進“綠色生態農業”的發展有很大的幫助。
微生物菌肥主要菌種及作用機制
1 芽孢桿菌類
芽孢桿菌是一大類用于微生物肥料中的菌種，由于其芽孢的獨特生物學特性而獲得廣泛應用。普遍認為芽孢桿菌生防機制主要有營養和空間位點競爭、抗菌物質產生、溶菌作用、誘導植物抗病性等方面。其生防效果是以上幾種方式作用的綜合結果。
目前應用比較廣泛的芽孢桿菌有：枯草芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌、菊糖芽孢乳桿菌。可防治蔬菜、櫻桃、葡萄、葫蘆和胡桃的 病、霜霉病、疫病、灰霉病等病害。
解淀粉芽孢桿菌 (Bacillus amyloliquefaciens) 已在美國作為殺菌劑登記，用于防治土傳的絲核菌和鐮刀菌；也作為植物生長調節劑登記，促進植物生長。中國利用枯草芽孢桿菌防治植病害的應用研究也達到了世界先進水平，現已開發出一批生防作用優良的枯草芽孢桿菌菌株，如 Bs-916 、B 908 、B 3 、B 903 、B 1333 、X M 16 、B II、PR s5 、ZH -2 。
解淀粉芽孢桿菌國內已分離到多株生防菌株對于細菌性條斑病菌、灰葡萄孢、鏈格孢、尖孢鐮刀菌、黑曲霉、粉紅單端孢以及油菜絲盤核菌均有良好的防治效果。
菊糖芽孢乳桿菌是一株既產芽孢又產乳酸生防菌株，目前廣泛應用于蔬菜果樹等種植中土傳病害的防治。
2 乳酸菌類
乳酸菌是GRAS（Generally Recognized as Safe 公認的級 ）菌株，同時乳酸菌也是一種PGPB（植物促生細菌）菌株。廣泛應用于、食品、飼料等領域。乳酸菌應用于農業種植中，不僅可以促進作物生長，抑制殺滅病原菌、誘導作物自身保護機制的啟動，還可以改善土壤環境，降低土傳病害的發生，解決土質惡化等問題。
目前防病微生物肥料中應用的乳酸菌主要有植物乳桿菌和希氏乳桿菌。乳酸菌發酵過程中可以產生植物生長素類物質GA、IAA、ABA和多種氨基酸，其代謝產物中的多種有機酸能顯著增加土壤中游離鈣磷離子的含量。產生多種抑菌物質，如苯乳酸、四羥基苯乳酸、3-苯基乳酸、乳酸菌素等，這些物質可以有效抑制農作物病原菌。研究表明乳酸菌可以有效抑制菠菜枯萎病、黃瓜炭疽病、十字花科根腫病等病害。
3 霉菌類
目前用于防病微生物肥料中的霉菌主要是木霉屬 ( Trichoderma) 的一些種，如：哈茨木霉 ( T . harzianum )、綠色木霉 ( T . viride) 、康氏木霉 ( T . koningii) 、木素木霉 ( T . lignorum ) 、鉤木霉( T . ham atum ) 、長枝木霉 ( T. longibrachiatum ) 、多孢木霉 ( T . polysporum ) 及綠粘帚霉 ( T . vi rens) 。 哈茨木霉對立枯病、菌核病、腐霉病、灰霉病等多種病害有較好的防效，其發酵液可對采后茄子進行生物保鮮。綠色木霉用來防治蜜環菌、輪枝菌、紫韌草菌、葡萄擬莖點霉和灰葡萄孢等病菌引起的各種病害；木素木霉的干燥孢子處理煙草的株穴可防治白絹病。
用于線蟲防治的微生物肥料中的霉菌主要用淡紫擬青霉和普可尼亞厚垣輪枝菌。厚垣輪枝菌能有效地寄生根結線蟲卵和雌蟲，普可尼亞厚垣輪枝( V . chlam ydosporium ) 能寄生南方根結線蟲、花生根結線蟲、大豆胞囊線蟲的卵和雌蟲 ,是一種重要的線蟲生防菌。這兩種霉菌可以有效寄生于線蟲的卵和雌蟲，有效降低線蟲的侵染幾率。
4 假單胞菌類
假單胞菌是生防微生物的重要類群，也是自然界分布廣的微生物之一，其繁殖快、定殖能力強、營養要求簡單，具有抑制多種植物病害和促進植物生長的作用而被廣泛研究。同時假單胞菌是根際中重要的細菌，對于維持作物根際的微生物態平衡起著重要作用。目前應用于防病微生物肥料的主要假單胞菌有：熒光假單胞菌、銅綠假單胞菌和綠針假單胞菌。其中綠針假單胞菌對于煙草黑脛病、辣椒疫病、瓜類枯萎病及果蔬灰霉病防治效果良好。
5 防病微生物生防機制
防病微生物的生防機制是多種多樣的, 如產生抗菌素、 重寄生、 溶菌作用、競爭作用和誘導抗性等。由于大多數據是在試驗條件下獲得的, 而田間條件要復雜的多，所以實際上可能兩種或三種機制同時起作用，也可能是在植物不同部位或不同發育時期某一機制在起主要作用。
人們的種植和管理方式隨著科技的進步而不停地更替，然而土壤作為農作物生長載體的地位一直沒有被動搖，可見土壤對萬物生長是多么重要!萬物要生長得好，土壤的肥沃程度是主要的決定因素之一，土壤中有機質含量決定土壤的肥沃程度。
有機質≠腐植酸，有機質不等于腐植酸
1、高分子化學家認為:木質素含量決定著形成腐植酸的含量。
2、土壤學家認為:土壤有機物通過自然礦化/腐殖化作用形成腐殖質--腐植酸，少則兩三年，多則一百年。目前，我國土壤有機質平均含量在2.5%左右。按照土壤腐植酸所占比重60%計，腐植酸含量不足1.5%。
3、煤化工學家認為:泥炭、風化煤、褐煤中含有豐富的腐植酸。其中，泥炭形成需要幾千年，腐植酸含量一般大于20%;風化煤、褐煤形成需要幾千萬到幾億年的時間，腐植酸含量較高，約40%~70%。30多年的科學研究表明，煤炭腐植酸與土壤腐殖酸具有相似的物理特性、化學組成、分子結構及分子量范圍，具有一致的應用特性。
4、人們通常指的有機質--主要以作物秸稈、畜禽糞便、工業副產品(酒糟、糖廠廢渣、動物皮毛等)、城市餐廚廢棄物等為原料，大部分木質素含量很低，很難形成工業級腐植酸。
綜上，有機質≠腐植酸，是腐植酸一定是 的有機質。
腐植酸是土壤中有機質 活力的要素，是土壤的“腦黃金”。腐植酸的作用大體可歸納為“五劑”：
一、腐植酸是土壤的改良劑
隨著人們生活水平的提供和生活方式的改變，以及施用方便、增產顯著的無機化肥工業的發展，“臟、爛、臭”的農家肥越來越受到現代農民的冷落。
因此，從目前的施肥結構上來看，重無機、輕有機的施肥習慣非常普遍，特別是在糧食作物生產中。長此以往，勢必會破壞土壤結構，導致土壤板結，土壤肥力下降。基于此現狀，開發方便衛生的有機肥源顯得尤為重要。
腐植酸可以促進土壤團粒結構的形成，降低土壤容重，提高陽離子代換量，調節土壤酸堿度，從而有助于提高土壤的保水、保肥、保溫和通氣能力。
此外，由于腐植酸是高分子有機物，施入土壤后可以為土壤微生物提供充足的碳源和能源，促進微生物代謝及繁殖，從而增加土壤微生物的保有量，增強土壤微生物活性，改善土壤微環境，這對改良和培肥土壤尤為重要。
二、腐植酸是肥料的增效劑
氮磷鉀肥料的施用在提高農產品產量方面固然發揮了決定性的作用，但高產不現象已經成了我國作物高產超高產栽培中普遍存在的主要問題。如何加強養分資源的綜合管理，提高肥料的利用率，正成為現代農業管理體系中的研究的重點。
為此，我國政府自2005年開始投入大量的財政資金，在全國范圍內啟動測土配方施肥工程項目，旨在通過指導農民科學合理的施用肥料，實現農業的高產、優質和。
而腐植酸的控氮緩釋、解磷增效、防鉀淋失、活化微量營養元素的多重作用就顯得尤為重要了，能大大提高肥效，均衡營養供給。
三、腐植酸是農藥的良好助劑
腐植酸葉面肥作為農藥的良好助劑主要體現在以下幾個方面：
（1） 腐植酸是由復雜的有機物組成，分子中含有較多的親水、親油基團，具有表面活性劑的作用，與農藥混合，能有效的發揮其良好的分散、乳化作用，從而提高農藥活性，增加農藥藥效。
（2） 腐植酸具有很大的比表面積，對有機-無機物均有很強的吸附作用，與農藥配伍，會形成一些配合體，從而起到使藥效緩慢釋放的效果。
（3） 由于腐植酸分子官能團中含有氨基、S-基，可降低農藥對人畜的毒害作用，從而在一定程度上提高農藥施用后的性。
（4） 高活性黃腐酸對農藥具有增溶、增效作用，因而可以在一定程度上減少農藥的使用量，從而相應地減少農藥在食物鏈中的傳遞和在環境中的殘留。
（5） 腐植酸還有助于土壤中殘留農藥的降解，因腐植酸促進土壤中微生物的繁殖，而微生物能有效降解土壤中殘留的農藥，所以在施用后能有效減少殘留農藥對環境的污染，減少農藥進入食物鏈，進而減少農藥在動植物體內的累積。
此外，腐植酸類物質本身就具有類似農藥的功能。有研究表明，噴施腐植酸葉面肥后，辣椒青枯病發病率、花生銹病發病率、爛果率等顯著降低。
四、腐植酸是污染物的解毒劑
農產品的生產，農業產地的環境質量首當其沖。
腐植酸富含有羧基和酚羧等活性官能團，其對金屬離子、有機污染物的強吸附作用，對緩解重金屬和有機污染意義重大。有研究表明，在每升含50mg汞的溶液中，在pH=2時，泥炭對汞的吸附量可以達到90%，在氨水溶液中對銅的吸附量可達到。
可溶態鉻和鎘是毒性很強的重金屬元素，研究表明，在pH值較低的情況下，腐植酸中的活性官能團起還原作用，將Cr (VI)還原成Cr(Ⅲ)，終使Cr以腐植酸螯合物的形態被土壤膠體吸附，從而促進土壤溶液中的鉻濃度顯著降低。所以，在施用腐植酸后，土壤中的有毒重金屬離子發生吸附反應，從而顯著降低其毒性。
腐植酸可以通過疏水作用、配位交換和氫鍵作用等吸附多環芳烴、多氯聯苯、農藥、除草劑等有機污染物，通過固定沉淀作用，降低其在環境中的活性濃度，減輕其對環境的污染；也可以通過氧化還原作用，將大分子有機化合物降解為小分子有機化合物。
此外，施入土壤后，還可以通過刺激土壤中微生物和酶的活性，提高土壤的自凈能力，從而間接促進有機物的降解；或通過促進植物的生長以及植物體本身生理代謝機能的改變，增強植物對有機污染物的降解和凈化能力。
五、腐植酸是植物生長的促進劑
土施腐植酸肥或葉面噴施腐植酸，可提高種子發芽率和發芽勢，刺激作物根系生長，增加植物體內代謝酶活性，增強作物的抗逆性，提高光合作用效率。
農產品品質明顯得以改善，腐植酸對植物生長的影響表現了類似植物激素的作用，因此對于受體植物而言，腐植酸又是植物生長的調節劑或促進劑。
高溫悶棚已經推廣多年，其主要目的是殺滅土壤中的有害菌及有害蟲卵，雖然每年夏季幾乎大部分棚室都進行了高溫悶棚，但仍有很多菜農反映，悶棚效果并不如意死棵、線蟲依然發生嚴重。
專家認為這主要是菜農在悶棚操作上，忽視了四個問題：
一是微生物菌的補充時間
菜農朋友都知道，高溫悶棚需要補充額外補充微生物菌肥，通常補充時間是在悶棚后進行。其實，這是不合理的，微生物菌肥 在悶棚前與有機肥，甲殼素、中微量元素肥料一同施入土壤。說到這，菜農朋友肯定會問，微生物菌肥在悶棚前施入，經過高溫悶棚后不都殺死了嗎？還能有效果嗎？
二是重視補充甲殼素
悶棚前補充高分子甲殼素對生物菌的繁殖能起到很大的促進作用。據了解，施入高分子甲殼素后，在25℃地溫下，放線菌數量提高了近30倍，大家都知道，放線菌能夠抑制線蟲的生長，而高分子甲殼素在土壤中分解后能促進放線菌的增殖，因此，悶棚前施用高分子甲殼素可達到減少土壤線蟲的目的。
三是深翻土壤
悶棚前先將所需肥料施入土壤，然后使用大型齒輪的旋耕機旋地深翻，特別是對于老棚來說，這樣的旋耕機旋耕片大，較常規旋耕機翻地深，可以打破犁底層，增加耕作層厚度，促進根系深扎，提高蔬菜抗逆性。對于淺根系的辣椒來說，深翻25厘米即可，其他茄果類蔬菜如茄子、西紅柿需要深翻35-40厘米，這樣可保證根系深扎并有足夠的根量，利于蔬菜的緩苗和健壯生長。
四是悶棚后大水漫灌
高溫悶棚要干悶與濕悶結合，提高悶棚效果。當干悶結束后，選擇晴天放風，進行大水漫灌，然后關閉風口，進行濕悶24小時，目的是土壤濕潤后先讓有害菌及蟲、卵有個“動”的過程，即剛剛萌發或轉化，此時再悶，殺滅效果會更好、更徹底。
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