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主要可以從4個方面來辨別菌肥的品質如何。
1 產品包裝
包裝主要看指標，以下是有機肥，生物有機肥，微生物菌劑的區別
不是菌數多就是好，微生物在土壤里的繁殖速度一般為20分鐘，如一些芽孢桿菌。還有24小時完成一代繁殖的，如一些真菌類，放線菌等。一代繁殖就是由一個細胞完成分裂變成兩個細胞即為繁殖一代。
所以，只要條件允許，在碳氮比很合適的情況下，繁殖速度很快就會到達種群上限，一般為50至60代。所以，菌數不能代表有機肥的品質。
2 產品外觀
很簡單，看雜質多不多，石子，木屑，等。多肯定就不太好了。
聞味道，氨味，臭味，腥味都不是好現象，好的肥料有一種泥土的發酵芳香。沒有發酵成熟，味道是沒辦法掩蓋的。
3 使用方法
遵循一個原則，就是近根使用。這里要著重提出一點，好的生物菌肥是不可能燒根的，如果你連根系都無法呵護，還跟老百姓提什么生物肥的功能性。
這都是實驗效果，近根使用的原理就是有機質和菌在土壤里的移動性非常低，所以直接運用于根部，它能夠給根系創造一個良好的根系生長環境，顆粒能夠保水保肥透氣，給根系一個生長的家。
4 載體
說到載體其實很簡單，腐殖酸，氨基酸，海藻素，這些才能用作載體，大的有機分子如木質素，纖維素，半纖維素，粗纖維等，菌的存活率是很低很低的。所以通過使用好的載體，才能確保菌種的活性。有活性，下地之后才能繁殖。
1、微生物菌肥時，要注意生產日期，不用過期產品，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性就會顯著降低。
2、看微生物菌肥有無農業部登記證，正規生產廠家的產品都應該有農業部登記證號，省農業廳不批準生物菌肥登記。所以凡是印有XX省農肥登記的微生物菌肥都是假冒產品，嚴防普通有機肥冒充微生物菌肥。
3、微生物菌肥還要看活菌數量是否符合 規定， 規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克，顆粒狀的≥1億/克，符合生物肥料和生物有機肥的有效活菌數≥2000萬/克。切記不合格的微生物菌肥不要購買使用。
4、微生物菌肥 與經過充分腐熟的有機肥混合使用，其效果要遠好于單獨施用有機肥和微生物菌肥。
5、微生物菌肥避免開袋后長期不用，要注意密封儲存以免菌種流失。開袋后長期不用，其他細菌就可能侵入袋內，使肥料中的微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
6、微生物菌肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑同時使用，也不要在使用生物菌肥后再實行土壤消毒。
7、微生物菌肥適宜的土壤濕度為60%左右，所以要注意不要在過分干旱時使用。
8、微生物菌肥對于陽光中的紫外線敏感，不宜采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚于土壤中施用。
9、微生物菌肥施入土壤后，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，在果樹根系開始生長前使用。
10、微生物菌肥避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的農家肥施入地里會產生二次發酵升溫，高溫會殺死菌肥微生物，影響微生物菌種的活性和發揮。
菌肥生產中載體很重要，關乎菌的活性能力。
話說回來，土壤中有足夠的有機物或腐殖質時微生物才能更好的生存繁殖起作用，其他營養元素。
微生物菌在土壤中作用主要是產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足夠的有機質才行。所以我們提倡有機肥和和菌肥搭配使用！
土壤有機質含量足，土壤理化性狀就好，加強了土壤有益微生物的活動，從而 限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長發育，促進作物生長，終達到增產增收的目的。缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向作物根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足。
土壤有機質缺失，會使化肥對土壤板結影響的烈度更加凸顯。而有機質豐富，化肥的利用率就大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物，以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用并不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。
土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。所以施用菌肥，請別忘了補充有機質！
大家都知道，微生物肥料主要的作用就是里面所含的活性菌。微生物菌肥的核心是有效功能活菌數，即“有工作能力”的“活體”菌種數量，而不是一般的含有多少菌數。
這里我們重點說說這個“活性”問題，菌肥有菌不一定是好肥，必須要保證施入土壤中是活性的，才能發揮菌肥作用。不然白搭！
然而生物肥里的菌種活性是有一定時間限制的。菌肥標準規定包裝袋上應該標準菌種的有效期，一般正常儲存條件下有效期多為兩年。
菌肥一般有效期為18個月，也就是一年半。那么超過一年半，你還敢用嗎？所以大家選肥時一定要注意這一點。避免一些廠家和經銷商銷售過期產品。
微生物菌肥的使用注意事項
一、選擇質量合格，過期不能用。
菌肥必須保存在低溫（適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。
不可以貪圖便宜選擇過期產品，這樣的生物菌含量很少，失去功效，一般超過兩年的生物菌肥要慎重選擇。
二、根據菌種特性，選擇使用方法。
建議大家在使用微生物菌肥的時候，基施可用方法有：撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。
不建議沖施微生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對液體微生物菌肥。
三、盡量減少微生物死亡。
施用過程中應避免陽光直射；蘸根時加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時定植、覆土，且不可與農藥、化肥混合施用，特別是現在很多菜農為防治根莖部病害，使用農藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，真菌、細菌都能防治，但對菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農藥灌根。
四、為生物菌提供良好的繁殖環境。
菌肥中的菌種只有經過大量繁殖，在土壤中形成規模后才能有效體現出菌肥的功能，為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環境。
1、適宜的PH值。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細菌需要在PH7-8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強微生物的活動。
2、微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動，因此必須注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。
3、生物肥料中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
五、使用微生物菌肥必須投入充足有機肥。
有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。因此，施用生物肥料時必須配合施用有機肥料，所以菜農在使用菌肥時應與糞肥等有機肥一起施用，不但可加快有機肥的腐熟速度，而且能促進菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必須供應充足的氮磷鉀及微量元素。
六、生物菌不宜與氮磷鉀大量元素肥料共同使用
生物菌適合與有機質共同使用，但是與氮磷鉀等復合肥料共用，能殺死部分微生物菌，降低肥效。
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