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微生物主要的特點就是體積小，種類多，繁殖迅速，適應環境能力強。微生物廣泛分布于自然界中。可以說，凡是它們能夠生存的地方，都是它們的家園。
然，微生物聚集多的地方還是土壤，那里為微生物生長提供了所需要的各種基本要素，而且還具有保溫性能好、緩沖性強等優點，因此，土壤是微生物的大本營，是人類豐富的菌種資源庫。
土壤中尤以細菌多，約占土壤微生物總量的70-90%。土壤中不同類型的細菌有不同的作用。有的能夠固定空氣中的氮元素，合成細胞中的蛋白質；有的能夠分解農作物的秸桿，它們大多是異養菌。除了細菌以外，土壤中數量較多的其它微生物是放線菌（抗生素的主要產生菌）和真菌，而藻類和原生動物等較少。
土壤微生物是構成土壤肥力的重要因素。微生物是一個體積小面積大的系統，有一個巨大的營養物質吸收面、代謝廢物的排泄面和環境信息的交換面，因此吸收多、轉化快，為微生物的高速生長繁殖和合成大量代謝產物提供物質基礎。
自然界物質豐富，品種多樣，為微生物提供豐富食物。微生物的營養類型和代謝途徑多樣，從無機營養到有機營養，能充分利用自然資源；呼吸類型多樣性，在有氧環境、缺氧環境，甚至是無氧環境均有能生活的種類。環境的多樣性如極端高溫、高鹽度和極端pH值造就了微生物的繁多種類和龐大數量。
土壤中含有各種 各樣有機和無機營養物，它是微生物生長和發育的天然培養基土壤中的微生物種類極其豐富，1g耕作土壤中含有25億個個細菌、70萬個放線菌、40萬個真菌、5萬個藻類、3萬個原生動物。
大多數微生物以裂殖方式繁殖后代，在適宜的環境條件下，十幾分鐘至二十分鐘就可繁殖—代。多數微生物為單細胞，結構簡單，整個細胞直接與環境接觸，易受環境因素影響，引起遺傳物質DNA的改變而發生變異。
微生物肥料是因微生物生命活動而導致農作物得到特定的肥料效應的―類制品，是從土壤中篩選以至馴化出能改善作物營養的微生物。
它包括固定空氣中分子態氮，將其轉變為植物可利用態氮素的自主或共生固氮菌；在土壤中將礦物態植物不能利用的磷和鉀轉變為有效磷和鉀的微生物，即磷細菌和鉀細菌；以及能分泌出多種有益作物生長的刺激素和抗生素的植物根圈促生細菌。
總之，凡是能直接或間接改善作物營養狀況的微生物，將其制成菌劑或加入其他填充物，包括少量化肥和一些草木灰等作為載體，都可作為菌肥廣泛應用于農業生產。
微生物肥與其他肥料一樣，都是為了改善作物的根際、葉面營養，促進作物的生長發育，增強作物抗逆性，進而提高作物產量，改善農產品品質，它的肥料效應—般認為是廣義的，不僅僅是營養物質方面，也包括了對作物生長刺激、調控，協助作物吸收水分以及由于接種微生物在作物根物根際的廣泛生長而降低或抑制有害微生物的存活，從而表現出減輕一些病蟲害的效用。
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