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改良和修復土壤功能
微生物菌肥中的有益菌加速了土壤有機質的分解，促進團粒結構形成，從而打破土壤板結，調節和改善土壤的保水、保肥、透氣性能，使之更適于作物生長。同時降解土壤中農藥重金屬殘留，修復被污染的土壤環境。
02
提供或活化養分功能
除菌肥自身具備的營養物質外，其中的功能菌還具有固氮、解磷、解鉀等多種功能。使作物可以利用空氣中的氮素，并分解土壤中難溶性的磷、鉀元素，使其能被作物吸收利用，從而提高肥料利用率，減少了化學肥料施用。
03
改善農作物品質功能
微生物菌肥在提供和活化養分的同時，可以促進多種微量元素釋放，例如小分子氨基酸、維生素和生長刺激物質。作物吸收了這些養分之后，果實更加飽滿，風味更佳純正，農產品質量得到進一步提高。
04
幫助作物防病抗病功能
當微生物菌肥施入土壤，其中的有益菌大量繁殖，形成優勢菌群，抑制了致病菌的繁殖和活動，達到了生物防治作物土傳病害的作用。微生物菌肥通過改良土壤，為作物提供養分，促進其根莖健壯。其中的一些功能菌可以增強作物抗寒性、抗旱性等，提高作物抵御病蟲害浸染的能力。
05
有機肥效力功能
菌肥和有機肥配合使用，可促進有機肥肥效的發揮。菌肥中的菌種可加速有機肥中有機物料的分解，使土壤在2-3年內，達到生產有機農作物的標準。克服了有機肥料肥效慢的特點，單施有機肥產量低的特點。
06
持續適量提供養分功能
微生物菌肥施入土壤后，其中的有益菌在作物根系不斷繁殖活動，這是一個長期的過程，可持續、適量地向作物提供養分，且不含任何毒害物質，不會對土壤造成殘留和負擔，這也是它相較于化學肥料的一個優勢。
微生物肥料是指一類含有活的微生物并在使用中能獲得特定肥料效應能增加植物產量或提高品質的生物制劑。
微生物肥料的分類
我國微生物肥料種類繁多，截至目前還沒有一套完整統一的分類系統，根據分類的標準不同，有如下幾種分類方法：
按作用機類
1、狹義的微生物肥料：指通過微生物的生命活動增加植物營養元素的活性和供應量，進而增加產量，即含有肥料特性的微生物制劑，這類產品雖不具有養分，但卻有肥料的功能。
2、廣義的微生物肥料：該種微生物肥料略有或沒有養分供應功能，但卻有其他功效，如刺激植物生長或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，這類微生物肥料更應該稱為“微生物制劑”而不是肥料，但現都統稱為微生物肥料，在農業部統一登記備案。
按微生物種類劃分
細菌肥料：如固氮細菌肥料、溶磷細菌肥料、解鉀細菌肥料。
真菌肥料：該類肥料包括外生菌根菌劑和內生菌根菌劑兩種類型，如叢枝菌根、菌根菌劑、蘭科菌根菌劑。
放線菌肥料：如抗生素菌肥；
藻類肥料：如固氮藍藻等。
按功能不同分類
根據功能不同又可分為：
溶磷微生物肥料、解鉀微生物肥料、有機質分解微生物肥料等，如豆科植物接種劑和土壤磷素活化劑等。同一類功能的微生物肥料也可以是不同微生物種類的肥料，如溶磷菌肥，既可以是細菌肥料也可以是真菌肥料，因為同一微生物具有不同功能、或不同微生物具有相同功能的現象在微生物肥料界非常普遍。
按含有微生物種類的多少劃分
分為單一微生物或復合微生物肥料等。
單一微生物肥料：只含有一種微生物作用的肥料。
復合微生物肥料：即多種微生物通過一定比例混合在一起所形成的微生物制劑。
微生物+有機肥=生物有機肥
微生物+化肥=生物復混肥
微生物+有機肥+化肥=生物有機無機復合（復混）肥
農業部登記的微生物肥料種類
目前農業部登記的微生物肥料產品共有：
9個菌劑類品種：根瘤菌劑、固氮菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、菌根菌劑、光合菌劑、有機物料腐熟劑、復合菌劑和土壤修復菌劑。
2個菌肥類品種：復合生物肥料和生物有機肥料。在劑型上分為液體和固體，固體又分為粉末和顆粒等。
效果 VS 問題
微生物肥料應用效果
1、增加作物產量：
各類微生物肥料的增產幅度在10% 左右，其中以復合微生物肥料增產效果明顯，達到20% 以上。研究表明：單獨施用微生物肥料沒有配施有機肥或化肥對馬鈴薯的增產效果明顯，但是微生物肥料在作物增產中只起到輔助作用，不能代替有機肥和化肥而單獨使用。
2、改善作物品質
微生物肥料能改善作物品質已是不爭的事實。
某些微生物肥料即使沒有明顯的增產作用，但仍然能改善作物品質。
施用微生物肥料能夠在明顯提高蔬菜含糖量和維生素C含量的同時降低蔬菜的硝酸鹽含量。
微生物肥料對水果品質的影響也比較明顯。劉利軍等人的研究表明：在使用微生物肥料后，碭山酥梨葉片氮含量顯著降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc 含量等明顯增加，并證明了果實的品質、耐貯性和梨果的等級均顯著提高。
3、減輕病蟲藥害
張偉衛等人在2013年的試驗結果表明微生物肥料對大田棉花枯萎病和茄子黃萎病均具有穩定的控制作用，病情指數分別降至38.2 和23.5。煙草專用微生物肥料能減輕煙草病毒病害、促進煙草的生長，降低雜氣和刺激性。微生物肥料能有效減輕土壤中殘留除草劑對作物的藥害。
4、改善土壤結構
長期施用微生物肥料，能夠恢復土壤團粒結構的形成，起到疏松土壤、土壤板結、改善土壤結構的作用。
據報道，在北方寒地黑土上連續3年施用土壤磷素活化劑，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常顯著。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促進了土壤中有機質的釋放，改善了土壤的理化性質，增加了土壤團粒，改善了土壤結構。
微生物肥料存在的問題
1、配套體系不夠完善
目前，我國還沒有形成有利于微生物肥料應用的農業施肥、推廣和監管體系。在發達 大豆接種根瘤菌已成為常規耕作措施，而我國東北大豆根瘤菌的接種率卻不到10%。玉米、水稻等大田作物化肥施用量過度，微生物肥料、有機肥料施用很少，短期行為普遍，推廣力度和政策支持明顯不足。同時微生物肥料市場魚目混雜， 在該類肥料的質量監管上還沒有形成完善的規章制度和產品標準。
2、菌種純度不高、針對性不強
微生物肥料具有生態適應性，施用時應依據當地生態狀況、作物品種、土壤類型和耕作方式等確定具體施用方式和施用量，有針對性地篩選出高適應的功能菌種，以達到較佳的作用效果。但是絕大多數微生物肥料企業還在使用分離篩選及傳統育種等相對滯后的菌種選育技術，造成微生物肥料地域針對性不強，適應性較差，個別企業甚至提純復壯做的都很不到位，導致菌種純度下降、活性衰減、田間效果不穩定或迅速下降。
3、作用效果不穩定
微生物肥料的應用效果受很多因素影響，除肥料本身的活性菌種類、含量、純度等內在因素外，環境條件也是影響肥料效果的重要因素，如底物濃度、溫度、濕度、土壤pH 值等，導致很多微生物肥料的使用效果與預期相差很多，并且地塊間，年度間的差別很大。
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