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因地制宜對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用微生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
因溫制宜施用菌肥的 溫度是25℃～37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。
因混制宜不可將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合施用，因為這些藥、肥容易殺死生物菌。可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合用。還應防止與未腐熟農家肥混用。
因量制宜對于多年來施用化肥的田塊，施用微生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用微生物菌肥取代氮肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到 、第二、第三年分別取代30％、40％和60％，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
因時制宜微生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7～10天施用，效果 。
隨著傳統肥料的長期使用，土壤酸化和板結的問題越來越嚴重，新型生物肥料受到普遍關注，市面上也出現了各種類型的生物肥料。那么，生物肥料在種植過程中對土壤究竟起到什么作用呢？專家認為，生物肥料在種植過程中主要有5個優勢：
一是改善土壤結構和促進有機質生成
生物肥料中的有益微生物群能產生糖類物質，可以和土壤中的植物粘液、礦物胚體、有機膠體結合，逐步打破土壤板結，對土壤團粒結構進行改善，促進團粒結構形成，增加土壤與空氣的接觸，促進土壤中生成有機質、腐殖質、腐殖酸。
二是養分轉化
生物肥料中的微生物群在土壤中物質和能量的轉換中起著十分重要的作用。它能夠活化土壤有機與無機養分，分解有機物，釋放養分，增加養分的有效性。
三是降低土壤污染
土壤在長期種植施肥過程中，殘留有化肥、有機農藥、重金屬和其他污染物等，生物肥料中的微生物群在其繁殖代謝過程，通過理化反應對上述污染物質進行分解、轉化，把他們降解成為低害或無害的物質，逐漸降低土壤污染。
四是提高土壤種植質量
生物肥料中的微生物，例如抗生性微生物，能夠分泌抗生素，抑制土壤中病原微生物的繁殖，這樣就可以防治病害對作物的危害，提高作物的產量。
五是土壤中微量元素吸收率
生物肥料通過理化反應，促進土壤中微量元素的釋放以及螯合，形成更適合作物吸收的形態，可提高作物對微量元素吸收率10％～30％。同時，還能促使腐殖質生成，有利于提高土壤自身肥力。
近年來，由于化學肥料的無序投入，棚室土壤鹽漬化問題越來越嚴重，不少棚室的土壤表面長滿綠苔、紅苔和白霜，很多蔬菜定植后出現緩苗慢、黃葉甚至死棵現象。緩解土壤鹽漬化，菜農可充分利用好歇棚期做好管理。
深翻土壤
生產中，通過深翻土壤，打破土層結構，將上層全鹽含量較高的表層土壤翻到底層，可降低土壤的鹽漬化程度。另外，深翻土壤還能打破因常年使用旋耕機而形成的“犁底層”。
目前，市場上推出很多深翻器械，能夠深翻30~60厘米。如微型挖掘機在大棚中的使用已經較為普遍，實用性較強，是大棚深翻的重要選擇機械。
大水洗鹽
利用鹽隨水走的特點，通過大水漫灌或揭棚自然淋灌的措施，將根系主要分布土層（0~30厘米）的鹽分淋溶到土壤深層，即把耕作層內的高濃度鹽離子“帶走”。建議在蔬菜拔園后，結合高溫悶棚一并進行，即先打一遍地，而后灌大水，閉棚提溫，此后連續大水漫灌3—4次，可大大緩解土壤鹽離子過高的情況。
秸稈還田
秸稈在腐解的過程中，可吸附、利用土壤的礦質元素，減輕鹽漬化，同時秸稈還田又增加了土壤有機質，改善了土壤透氣性，促生了土壤有益微生物，可謂一舉多得。
秸稈還田常用有兩種方式，一種是秸稈反應堆的使用，即在作物種植行內，下挖50厘米后，填充玉米秸稈等材料，并噴施快速腐熟劑藤上花—微生物發酵劑等，而后覆土掩埋，并灌一定量水，一周后便可定植蔬菜。另一種是秸稈粉碎還田，需要注意的是，一定要進行細致地粉碎，一般粉碎的程度大約在1~2厘米左右即可。秸稈還田時要注意病蟲害的再傳播，可通過拔園前高溫悶棚處理將大部分的有害病蟲殺死，也可在秸稈還田后通過微生物發酵配合高溫悶棚等技術措施降低病蟲害的循環侵染。
種植綠肥
綠肥有機質含量豐富，且多為易分解的有機質，翻入土壤后，可在短時間內促生大量的有益微生物，改善土壤結構，減輕鹽漬化。鹽漬化嚴重的棚室，菜農可選擇吸肥能力較強、具有解磷解鉀作用的菠菜、玉米等作物，緩解鹽害。
下茬蔬菜定植前20天左右進行翻壓，可先將綠肥莖葉切成10~20厘米長，撒在地面或施在溝里，隨后翻耕入土，翻壓深度以10~20厘米為宜，砂質土可深些，粘質土可淺些。翻壓時可以將下茬蔬菜所用的底肥提前施入，一起翻入土壤，并澆水以保證適宜的土壤濕度，促進綠肥盡快腐爛分解。蔬菜定植前，還要將土壤深翻一遍，以提高土壤透氣性，增加耕層深度。
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