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近年來，由于化學肥料對環境和土壤的嚴重破壞，不僅污染了環境、使生態不斷惡化、土壤出現硬化、酸化、鹽漬化等諸多問題，而且降低了農產品的質量。為了促進農業可持續發展，實現以生態、、高產、優質、為目標，世界各國都在為了找 的解決方案而不斷努力。
微生物肥料對土壤改良有很好的效果，土壤中的病害得到了防治，提高了農作物的產量，并且可以使化肥的用量減少，從而保護環境，對促進“綠色生態農業”的發展有很大的幫助。
微生物菌肥主要菌種及作用機制
1 芽孢桿菌類
芽孢桿菌是一大類用于微生物肥料中的菌種，由于其芽孢的獨特生物學特性而獲得廣泛應用。普遍認為芽孢桿菌生防機制主要有營養和空間位點競爭、抗菌物質產生、溶菌作用、誘導植物抗病性等方面。其生防效果是以上幾種方式作用的綜合結果。
目前應用比較廣泛的芽孢桿菌有：枯草芽孢桿菌、解淀粉芽孢桿菌、菊糖芽孢乳桿菌。可防治蔬菜、櫻桃、葡萄、葫蘆和胡桃的 病、霜霉病、疫病、灰霉病等病害。
解淀粉芽孢桿菌 (Bacillus amyloliquefaciens) 已在美國作為殺菌劑登記，用于防治土傳的絲核菌和鐮刀菌；也作為植物生長調節劑登記，促進植物生長。中國利用枯草芽孢桿菌防治植病害的應用研究也達到了世界先進水平，現已開發出一批生防作用優良的枯草芽孢桿菌菌株，如 Bs-916 、B 908 、B 3 、B 903 、B 1333 、X M 16 、B II、PR s5 、ZH -2 。
解淀粉芽孢桿菌國內已分離到多株生防菌株對于細菌性條斑病菌、灰葡萄孢、鏈格孢、尖孢鐮刀菌、黑曲霉、粉紅單端孢以及油菜絲盤核菌均有良好的防治效果。
菊糖芽孢乳桿菌是一株既產芽孢又產乳酸生防菌株，目前廣泛應用于蔬菜果樹等種植中土傳病害的防治。
2 乳酸菌類
乳酸菌是GRAS（Generally Recognized as Safe 公認的級 ）菌株，同時乳酸菌也是一種PGPB（植物促生細菌）菌株。廣泛應用于、食品、飼料等領域。乳酸菌應用于農業種植中，不僅可以促進作物生長，抑制殺滅病原菌、誘導作物自身保護機制的啟動，還可以改善土壤環境，降低土傳病害的發生，解決土質惡化等問題。
目前防病微生物肥料中應用的乳酸菌主要有植物乳桿菌和希氏乳桿菌。乳酸菌發酵過程中可以產生植物生長素類物質GA、IAA、ABA和多種氨基酸，其代謝產物中的多種有機酸能顯著增加土壤中游離鈣磷離子的含量。產生多種抑菌物質，如苯乳酸、四羥基苯乳酸、3-苯基乳酸、乳酸菌素等，這些物質可以有效抑制農作物病原菌。研究表明乳酸菌可以有效抑制菠菜枯萎病、黃瓜炭疽病、十字花科根腫病等病害。
3 霉菌類
目前用于防病微生物肥料中的霉菌主要是木霉屬 ( Trichoderma) 的一些種，如：哈茨木霉 ( T . harzianum )、綠色木霉 ( T . viride) 、康氏木霉 ( T . koningii) 、木素木霉 ( T . lignorum ) 、鉤木霉( T . ham atum ) 、長枝木霉 ( T. longibrachiatum ) 、多孢木霉 ( T . polysporum ) 及綠粘帚霉 ( T . vi rens) 。 哈茨木霉對立枯病、菌核病、腐霉病、灰霉病等多種病害有較好的防效，其發酵液可對采后茄子進行生物保鮮。綠色木霉用來防治蜜環菌、輪枝菌、紫韌草菌、葡萄擬莖點霉和灰葡萄孢等病菌引起的各種病害；木素木霉的干燥孢子處理煙草的株穴可防治白絹病。
用于線蟲防治的微生物肥料中的霉菌主要用淡紫擬青霉和普可尼亞厚垣輪枝菌。厚垣輪枝菌能有效地寄生根結線蟲卵和雌蟲，普可尼亞厚垣輪枝( V . chlam ydosporium ) 能寄生南方根結線蟲、花生根結線蟲、大豆胞囊線蟲的卵和雌蟲 ,是一種重要的線蟲生防菌。這兩種霉菌可以有效寄生于線蟲的卵和雌蟲，有效降低線蟲的侵染幾率。
4 假單胞菌類
假單胞菌是生防微生物的重要類群，也是自然界分布廣的微生物之一，其繁殖快、定殖能力強、營養要求簡單，具有抑制多種植物病害和促進植物生長的作用而被廣泛研究。同時假單胞菌是根際中重要的細菌，對于維持作物根際的微生物態平衡起著重要作用。目前應用于防病微生物肥料的主要假單胞菌有：熒光假單胞菌、銅綠假單胞菌和綠針假單胞菌。其中綠針假單胞菌對于煙草黑脛病、辣椒疫病、瓜類枯萎病及果蔬灰霉病防治效果良好。
5 防病微生物生防機制
防病微生物的生防機制是多種多樣的, 如產生抗菌素、 重寄生、 溶菌作用、競爭作用和誘導抗性等。由于大多數據是在試驗條件下獲得的, 而田間條件要復雜的多，所以實際上可能兩種或三種機制同時起作用，也可能是在植物不同部位或不同發育時期某一機制在起主要作用。
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