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中國生產了占世界總量16%的糧食，但卻使用了占世界31%的化肥，如果按糧肥比例測算，化肥完全可以減半。不合理的農用化學品的投入等問題，讓耕地不堪重負，土傳病害增加、土壤有機質下降、酸化、板結、鹽漬化和重金屬超標，直接影響到了農產品。
“鎘大米”事件曾引發社會廣泛關注，為我們敲響了土壤污染的警鐘。 相關土肥專家建議，可以通過自然農藝手段如增加土壤有機質、施用土壤調理劑、采用生物吸收法等能夠鈍化、減輕甚至修復大多數的超標土壤。特別是向土壤中施入微生物肥料將是土壤生態修復的重要發展方向。
土壤污染主要可以分為無機污染物和有機污染物，無機污染物主要包括酸、堿、重金屬、鹽類等；有機污染物主要包括有機農藥、酚類、 、石油、合成洗滌劑等。微生物肥料修復土壤的基本原理是在適當的條件(水分、溫度、pH值等)下，肥料中的微生物菌群與土壤中原有的有益微生物共同形成優勢菌群，促進土壤生態系統中碳、氮、氧等元素的良性循環，從而修復土壤生態環境系統，使生態系統達到新的穩定的平衡。
其中，微生物肥料對無機污染物的修復機理是微生物肥料進入土壤生態系統后，好氧菌、厭氧菌等微生物益生菌群，通過自身的生物反應，降低土壤的酸度，提高土壤的pH值，從而降低土壤中有害重金屬的毒害；同時肥料中的微生物菌可以將重金屬固定，促使土壤中活性重金屬變為有機結合態，形成過濾層和隔離層，降低作物對土壤中重金屬的吸收，從而避免了土壤中重金屬等有害物質或其分解產物通過“土壤植物人體”，或通過“土壤水人體”間接被人體吸收，損害身體。
微生物肥料在對土壤中農藥等有機污染物修復方面的作用是降低病蟲害的防治次數，降低農藥的使用量，從而減少農藥在作物中的殘留量。其一，微生物肥料能改變土壤耕作層微生物區系，在作物根系周圍形成優勢菌落，從而強烈抑制病原菌繁殖，降低病蟲害發生次數；另一方面，微生物在其生命活動過程中產生多種物質，如激素類、腐植酸類以及抗生素類，這些物質能刺激作物生長健壯，增強作物自身抗病害能力。
為什么微生物肥料在土壤修復領域“大有可為”
首先， 支持微生物肥料發展，同時鼓勵進行微生物肥料在“土壤調理”方面的技術研發。生物產業是我國七大戰略性新興產業之一，生物肥料部分則是生物產業的重要部分。2012年12月國務院發布《生物產業發展規劃》，微生物肥料被納入到“農用生物制品發展行動計劃”，明確提出要加快突破“保水抗旱、荒漠化修復、磷鉀活化、抗病促生、生物固氮、秸稈快速腐熟、殘留除草劑降解及土壤調理”等生物肥料的規模化和標準化生產技術瓶頸，產業水平。
其次，我國的微生物資源具有菌種資源豐富、微生物肥料產品種類繁多、應用范圍廣泛的特點。豐富的微生物資源為發展微生物肥料產業提供了保證，同時我國微生物種類多樣的特點又與土壤中的污染物種類較多的現實相對應，可以修復土壤中的多種污染物。近年來，以秸稈腐熟劑、生物有機肥為代表的微生物產品在農業上廣泛運用，為土壤生態修復立下汗馬功勞。目前，全國微生物肥料年產突破1000萬噸，應用土地面積超億畝。
，微生物肥料具有“四兩撥千斤”的獨特功能，既能活化土壤，肥效，又能保障農產品質量，是農業可持續發展不可缺失的投入品。同樣，微生物肥料功能多樣，能夠充當分解者（秸稈分解、土壤有毒有害物質降解）、轉化者（磷、鉀、鈣、鎂等養分的有效形態轉化）、生產者（生物固氮、產生各種促生物質）等。
微生物肥料的前景非常大，在很多方面沒有被充分利用。”美國從幾十年中大量的數據得出一個結論：“微生物可以養活世界”，利用微生物的合理種群，減少美國化肥用量的20%左右。不僅可以提高產量，還能改善品質。
誤解1
用見效快慢評價產品，見效快的才是好菌肥。
菌肥使用后，需要一定的時間才會看到效果。菌肥中的菌首先要適應新的環境，通過繁殖增加菌群的數量，成為土壤中的優勢菌群，才能發揮肥效。而菌群數量的擴大，需要一定的時間。這是菌肥與化學肥料和植物調節劑的 區別，因此微生物肥料性不如化學肥料與植物調節劑。很快見效的菌肥，其中很有可能摻雜了其他的植物調節劑。
誤解2
認為產品中菌的種類越多越好。
實際應用當中，并不是菌的種類越多越好，不同種類的菌在土壤中生活時會產生競爭，且各自的生活習性是不一樣的，盲目的復合，菌種間會產生拮抗作用，影響肥效。因此， 真正起到作用的只是其中的優勢菌種。
誤解3
分不清是菌劑還是菌肥。
菌劑的有效活菌（注意是活的菌，而非菌）數量液體大于等于2億/mL、粉劑大于2億/g、顆粒大于1億/g。菌肥有微生物肥料和生物有機肥，前者是營養物質與菌的混合，有效活菌含量為液體大于0.5億/mL、固體0.2億/g；后者是有機肥及菌劑的混合，有效活菌含量大于等于0.2億/g。因此，果農朋友們如果在市場上面見到有效菌含量是10億、20億的很有可能是假的菌肥，要擦亮眼睛了，購買時可根據需要選擇產品。
誤解4
一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年。
這樣的觀念看起來很有道理，菌肥有生命，可以不斷地繁殖產生后代。但如若土壤環境改變的話對其影響是非常大的，比如，化肥的超量使用、殺菌劑除草劑的使用、土壤溫度高等都會造成菌的死亡。因此，要保持菌群的優勢地位，在作物的生長期需要多次使用微生物肥料來補充有效活菌的數量。
誤解5
認為一種菌可解決多種問題。
菌也是有分類的，根據其主要成分來分主要有9種，分別是根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。因此，在選用的時候可以根據菌種作用與特性進行選擇，看自己需要解決的是什么問題。
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